莫让这世间的庸俗扰了清修,尽管三观已被腐蚀,但未来总是光明的。
2015/11/17/ - - 0 条评论 - 浏览量 : 986

1,某节点硬件故障,需要更换

/opt/tsce/server_priv/nodes里 把cu02 np=xx 后面的参数给删了
service tsce restart 就行了

###把该节点从队列中剔除


2,提交的作业运行不了,报错,有可能是环境问题,在用户家目录下.bashrc

source /opt/intel/composer_xe_2015/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh
source /opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh

3,HDF5安装,要安装 zlib, szip

Homepage: http://www.hdfgroup.org
Version: 1.8.12
Reference: http://www.hdfgroup.org/HDF5/release/cmakebuild.html
 
Download and extract HDF5 source code:
$ wget http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.8.12/src/hdf5-1.8.12.tar.gz
$ tar xzpf hdf5-1.8.12.tar.gz
$ cd hdf5-1.8.12
 
Configure, build with GCC, then install:
$ module purge && module load gcc/4.9.1
$ ./configure --enable-cxx --enable-fortran --with-zlib --with-zlib --enable-production --prefix=/lustre/usr/hdf5/gcc49/1.8.12
$ make clean; make -j8
$ sudo make install
 
Configure, build with Intel compiler, then install:
$ module purge && module load icc/15.0.0 $ ./configure --enable-cxx --enable-fortran --with-zlib --with-zlib --enable-production --prefix=/lustre/usr/hdf5/icc15/1.8.12
$ make clean; make -j8
$ sudo make install


然后在用户的.bashrc中添加如下
export LIBRARY_PATH=/opt/hdf5/lib:$LIBRARY_PATH
export LIBRARY_PATH=/opt/zlib/lib:$LIBRARY_PATH
export LIBRARY_PATH=/opt/szip/lib:$LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/szip/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/zlib/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/opt/hdf5/bin:$PATH
export CPATH=/opt/hdf5/include:$CPATH
export CPATH=/opt/zlib/include:$CPATH
export CPATH=/opt/szip/include:$CPATH


4,MATLAB作业提交,如果不用export,需要创建alias matlab='/opt/MATLAB/R2015a/bin/'

#!/bin/bash
#PBS -N Ground
#PBS -q du
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -V

cd ~/folder

export PATH=$PATH:'/opt/MATLAB/R2015a/bin/'

matlab -nodisplay -nosplash < Ground.m > run.log


5,Abaqus脚本

#!/bin/bash
#PBS -q du
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -l nodes=1:ppn=6
#PBS -N abaqus

# module load mpich2-1.0.7-intel64/10.1.015
cd /home/abaqus/data/BCT
/opt/abaqus/Commands/abaqus analysis job=ch3 cpu=6 interactive